آیت الله مهدی شاه آبادی ، در سال 1309 در قم به دنیا آمد. در سن 4 سالگی به علت هجرت والد مکرم (مرحوم آیت الله میرزا محمد علی شاه آبادی – استاد عرفان حضرت امام خمینی ) به تهران رفته و دوران طفولیت و کودکی خویش را در مکتب خانه قرآن امامزاده یحیی (ع) به مدت 2 سال گذراند. تحصیل دوره ابتدایی را از سن 6 سالگی تا 12 سالگی به پایان برد. درحین همین سال ها ادبیات عرب را از پدر بزرگوار خویش ونیز از برادر بزرگ تر خود فرا گرفت . در سال 1323 ، جهت تحصیل کامل دروس علمیه در دبیرستان مروی تهران ثبت نام نموده و با کسب موفقیت در دوروس حوزوی درسال 1327 در سن 18 سالگی ملبس به لباس مقدس روحانیت شد.
یک سال بعد در سال 1328 گرد یتیمی بررویش نشسته و در فقدان پدر به سوگ نشست. سرپرستی و خدمتگزاری مادر بعد از فقدان پدر ، آرامشی بود بر قلب داغدار او که تا پایان عمر مادر ، بدان مبادرت می ورزید، اما در سال 1358 روح مادر پیرش نیز به ملکوت اعلا پر کشید.
وی در حین اشتغال به تحصیل حوزوی ، دروس جدید (دوره دبیرستان)را نیز می گذراند. پس از 4 سال از رحلت پدر ، جهت تکمیل دوره های تحصیل علوم حوزوی به قم عزیمت نموده و سطوح عالی حوزه را به اتمام رساند. دروس خارج فقه و اصول را از محضر آیات عظام : امام خمینی ، بروجردی ، گلپایگانی و اراکی تحصیل نمود.
وی در سن 27 سالگی در سال 1336 جهت تشکیل خانواده تصمیم به ازدواج گرفته و با خانواده آیت الله العظمی میرزای شیرازی وصلت نمود
